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中国疾病预防控制中心精神卫生中心
2002年6月7日，卫生部批准中国疾病预防控制中心下设精神卫生中心，设在北京大学精神卫生研究所。2002年10月30日，中国疾病预防控制中心精神卫生中心在北京大学精神卫生研究所正式挂牌。
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青岛市疾病预防控制中心
青岛市疾病预防控制中心是市卫生局直属的承担疾病预防与控制、检测检验与评价、健康教育与促进、应用研究与指导、技术管理与服务等的专业技术机构。在市政府卫生行政部门领导下，组织实施全市卫生防病工作的技术保障部门，同时承担对区（市）疾病预防控制机构的业务指导、考核和技术示范职能。
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广西壮族自治区疾病预防控制中心
广西壮族自治区疾病预防控制中心（简称广西CDC）是根据广西壮族自治区人民政府桂政办发[2001]91号文、桂编[2000]99号和桂编[2002]8号文的要求，在原广西壮族自治区卫生防疫站、广西壮族自治区寄生虫病防治研究所（分别成立于1954、1958年）和广西壮族自治区健康教育所（成立于1959年）的基础上，于2001年8月正式重新组建的正处级全民公益性卫生事业单位，同时经广西壮族自治区编委批准增挂“广西壮族自治区卫生监测检验中心”、“广西预防医学研究所”牌子，并保留“广西壮族自治区健康教育所”牌子。
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沈阳市疾病预防控制中心
沈阳市疾病预防控制中心是在原沈阳市卫生防疫站基础上组建的。沈阳市卫生防疫站成立于1952年，是全国最早建立的市级卫生防疫站机构之一，1998年成为全国省会市级一等站。2002年1月经机构重组，沈阳市疾病预防控制中心成立。
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武汉市疾病预防控制中心
武汉市疾病预防控制中心是负责武汉地区疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导的公益性事业单位。
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东莞市疾病预防控制中心
东莞市疾病预防控制中心是在原东莞市卫生防疫站的基础上于2002年12月重新组建的副处级事业单位，并增挂东莞市卫生检验中心和东莞市健康教育所牌子。
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中国疾病预防控制中心麻风病控制中心
中国疾病预防控制中心麻风病控制中心（以下简称“麻风中心”）座落在江苏省南京市紫金山北麓，前身为1954年在北京成立的“中央皮肤性病研究所”（即现在的“中国医学科学院中国协和医科大学皮肤病医院（研究所）”，以下简称“医科院皮研所”），直属卫生部领导，重点承担指导全国性病防治任务。
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大连市疾病预防控制中心
大连市疾病预防控制中心是在卫生体制改革中于2002年2月6日在原大连市卫生防疫站、市劳动卫生研究所、市健康教育中心的基础上组建的新型综合性疾病预防控制机构，担负着疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导的七大职能。
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